Tienen grandes ventajas sobre otros sistemas de almacenamiento, como su rapidez, resistencia al polvo, golpes, humedad, etc. (dependiendo de la carcasa que contenga el Pendrive) y estabilidad de los datos.
Como inconveniente, resaltar que por la propia naturaleza de las memorias Flash, tienen una vida útil limitada (aunque esta es bastante larga, de millones de ciclos), por lo que con el paso del tiempo se van volviendo mas lentos.
Su bajo coste actual los convierten en el 3er sistema de almacenaje más económico en relación capacidad/precio (por detrás de los discos duros y de los cd,s y dvd,s, aunque con grandísimas ventajas sobre estos últimos).